O Vila Nova é a realização do desejo do Padre José Balestiere, que no ano de 1938 criou a Associação Mariana com o objetivo de incentivar o congraçamento das comunidades católicas e propiciar entretenimento à população. O Padre José Balestiere não pensava estar levantando as colunas de um Clube que seria, em breve, um dos mais populares do Centro Oeste Brasileiro. O nome Vila Nova Futebol Clube foi devido ao time ter sido fundado no bairro de Vila Nova, conhecido em Goiás como a vila mais famosa, pela divulgação que o Tigrão faz de seu nome.
O então Major Francisco Ferraz de Lima, entusiasta do Clube Amador, ao lado de outros pioneiros, aceitou o desafio de fundar um time para representar o Bairro de Vila Nova. Para tal missão, o Major contava com o idealismo do Padre José Balestiere, de Boaventura Moreira de Andrade, Luiz Rasmussem, Pedro Cavalcante, Garibalde Teixeira, José Balduíno, entre tantos outros entusiastas.
Em 1943, finalmente o Vila Nova F.C. foi fundado pelo coronel Francisco Ferraz de Lima, com a água benta do padre Giuseppe Balestière e a benção de Gercina Borges, mulher de Pedro Ludovico Texeira, conhecida em Goiânia como a "mãe dos pobres". No mesmo ano de sua fundação, o time foi inscrito na Federação Goiana de Desporto (FGD), e nesse mesmo ano passou a disputar competições no mês de julho. Devido a uma crise financeira, em 1946 o clube teve que mudar de nome e passou a se chamar Operário Futebol Clube.
Em 1949, ocorre nova mudança com o clube passando a se chamar Araguaia. Em 1950 o nome do clube passa a ser Fênix Futebol Clube, denominação que dura até 1955, quando o clube volta a ter o nome de Vila Nova Futebol Clube.
Entre os anos de 1950 a 1955 o clube disputou torneios de várzea. Algum tempo depois, sob o comando de Onésio Brasileiro Alvarenga e Teodorico José da Silva, o clube começou a investir no Departamento de futebol e obteve a terceira colocação no estadual de 1958. Nos anos de 1959 e 1960 o time ficou em quarto lugar na competição.
O primeiro título do Vila Nova Futebol Clube chegou no dia 13 de março de 1961. O clube foi campeão do octogonal Goiânia/Anápolis, no dia 21 de maio conquistou a Taça Cidade de Goiânia e no dia 8 de outubro foi campeão do primeiro turno do campeonato estadual. Após isso, o título do Campeonato Goiano daquele ano chegou no dia 17 de dezembro.
No dia 15 de abril de 1962, o clube conquistou o bicampeonato da Taça Cidade de Goiânia e no dia 22 de julho tornou-se bicampeão do Torneio Octogonal Goiânia/Anápolis.
Durante os mais de sessenta anos de sua História, o Vila Nova conquistou 139 troféus de campeão incluindo, campeonatos, torneios e taças, 58 taças de vice campeão e 10 de terceiro lugar em competições em âmbito regional, estadual e nacional.
Em termos nacionais, as maiores conquistas do Vila Nova foram o Campeonato Brasileiro Série C em 1996 (invicto) e a classificação para a Copa Conmebol em 1999.
O Vila Nova no século XXI
No Século XXI, o Vila Nova sagrou-se campeão goiano em 2001 e 2005, tendo perdido surpreendemente previsivel o título de 2004 para o CRAC, quando era o favorito para essa conquista.
Queda para a Série C e retorno para a B
A equipe do Vila Nova não foi bem em 2006, caindo para o Campeonato Brasileiro Série C em 2007, após ser goleado pelo Guarani-SP, equipe que também seria rebaixada, na última partida, por 5 a 1.
A equipe vila-novense disputou a primeira fase do Campeonato Brasileiro Série C no grupo 10, juntamente com o Jaciara-MT, Itumbiara-GO e Guará-DF, terminando esta fase em primeiro lugar, com 13 pontos.
Pela segunda fase o time participou do grupo 22, jogando contra o Rio Claro-SP, o Guarani-SP e o CRAC-GO, garantindo a vaga para a fase seguinte no último jogo, com um gol aos quarenta e três minutos do segundo tempo.
Na terceira fase, participando do grupo 27, o Vila Nova enfrentou Atlético-GO, Esportivo-RS e Villa Nova-MG, e se classificou para a fase final. Na fase final, então, o Vila Nova ficou em terceiro lugar, conquistando o acesso para a Campeonato Brasileiro Série B de 2008.
A luta pelo acesso à Série A
O vila chegou muito perto do acesso em 1999 quando ficou em quarto lugar perdendo a vaga para o Goiás, seu maior rival.
Com o sexto lugar na edição de 2008 da Série B, o Tigrão esteve perto do acesso para a primeira divisão, estando entre os quatro primeiros na maior parte do campeonato, mas caindo de rendimento nas últimas rodadas, tendo chegado a levar mais de 30.000 torcedores na vitória sobre o futuro campeão, o Corinthians-SP, e terminando com uma média de público de 12.404 pagantes, a segunda melhor média deste campeonato.
Em 2009 a campanha do time esteve bastante irregular, tendo conseguido o objetivo de manter-se na Série B em 2010.
